J'ai récemment dû rassembler plusieurs PDF en 1 seul, et leur faire subir des rotations.
Rien de plus simple avec le paquet pdftk :
Rotation horaire de 90° : pdftk 01.pdf cat 1E output 01_rota.pdf
Concaténation : pdftk 01_rota.pdf 02.pdf 03.pdf cat output final.pdf